澎湃新聞記者 賀梨萍

1月8日24時，天津市疾病預(yù)防控制中心完成當天最早確診的2例新增本土病例的新冠病毒全基因組測序。經(jīng)分析比對，并經(jīng)中國疾控中心確認，該病毒均屬于VOC/Omicron變異株（BA.1進化分支），屬于同一傳播鏈。截至目前，天津、河南安陽正在迎戰(zhàn)奧密克戎，該變異毒株也首次被發(fā)現(xiàn)在國內(nèi)進行跨省傳播。

中國疾控中心流行病學首席專家吳尊友第一時間表示，奧密克戎癥狀較輕，發(fā)現(xiàn)更難，更易傳播對于群體防范是一大挑戰(zhàn)，同時奧密克戎使得疫苗效果折扣比其他的變異毒株更大，所以特別需要打加強針。

奧密克戎正在一些國家逐漸取代德爾塔成為主導新冠病毒株，這距離其首次在南非被檢測出近2個月。近日，頂級學術(shù)期刊《自然》（Nature）以“加快評審文章”（Accelerated Article Preview）的形式在線發(fā)表了一篇論文，南非柳葉刀實驗室、博茨瓦納-哈佛艾滋病研究所伙伴關(guān)系等49家科研機構(gòu)和單位的研究團隊，描述了新冠病毒變異株奧密克戎在南非被鑒定的經(jīng)過以及早期的快速傳播。該團隊正是首次報告發(fā)現(xiàn)奧密克戎的團隊。

論文中提到，截至2021年12月16日，87個國家在南非返回的旅客樣本中或在社區(qū)例行檢測的樣本中發(fā)現(xiàn)了奧密克戎。而截至2022年初，奧密克戎已經(jīng)在100多個國家被發(fā)現(xiàn)，GISAID數(shù)據(jù)庫現(xiàn)已公開了超過10萬例基因組。

研究團隊強調(diào)，奧密克戎的出現(xiàn)和迅速傳播對世界構(gòu)成威脅，在非洲尤其構(gòu)成威脅。在非洲，只有不到1/10的人接受了全面疫苗接種。全球必須密切監(jiān)測奧密克戎的傳播，疫情防控的同時也更好地了解其傳播性和這種變異體逃逸感染后和疫苗引起的免疫的能力。

奧密克戎主導南非第四波疫情

論文首先回顧提到，在此前的疫情期間，新冠病毒的阿爾法、貝塔和伽瑪變異體在全球傳播，并導致許多不同國家的疫情卷土重來，但隨后大多數(shù)區(qū)域被具有更高傳染性的德爾塔毒株取代并主導。在傳播過程中，德爾塔變異體進化成多個分支，其中一些分支在某些地方顯示出具有生長優(yōu)勢的跡象，這促使人們猜測，下一個推動疫情卷土重來的變異體可能來自德爾塔。

至于南部非洲，2021年10月原本看到了疫情逐漸消退的趨勢。研究團隊指出，盡管德爾塔在北半球繼續(xù)表現(xiàn)出高傳播水平，但南部非洲的大流行正在逐漸好轉(zhuǎn)。

然而，從2021年11月中旬開始，南非經(jīng)濟中心豪登省的COVID-19病例迅速增加。具體來說，病例數(shù)和檢測陽性率的上升首先在豪登省北部城市茨瓦內(nèi)（比勒陀利亞）發(fā)現(xiàn)。研究人員指出，病例的增加伴隨著賽默飛世爾TaqPath檢測試劑盒中S基因靶基因失效（SGTF）頻率的增加。

2021年11月19日，研究團隊對2021年11月14日至16日收集的一批8個S基因靶基因失效樣本的測序結(jié)果表明，所有樣本都屬于SARS-CoV-2的一個新的譜系。進一步的快速測序在豪登省多個地點的32個常規(guī)診斷樣本中發(fā)現(xiàn)了29個相同的變異，這表明到2021年11月的第二周，這種新的變異體已經(jīng)廣泛傳播。

至關(guān)重要的是，彼時新冠報告病例數(shù)也開始急劇增加。論文寫道，在接下來的4天里，經(jīng)過測序發(fā)現(xiàn)，南非東部的夸祖盧-納塔爾省和西南端的西開普省均被證實有該新變異體的傳播。

與此同時，在博茨瓦納的哈博羅內(nèi)（距離茨瓦內(nèi)360千米），從2021年11月11日收集的樣本中產(chǎn)生的4個基因組也顯示出不尋常的突變。作為每周監(jiān)測的一部分，這些基因組于2021年11月17日至18日進行了測序。這些病毒于2021年11月22日被報告給博茨瓦納衛(wèi)生與福利部。

這些序列于2021年11月23日上傳至GISAID，很明顯，它們屬于一個新的譜系。在同一周內(nèi)，在博茨瓦納的其他地方又發(fā)現(xiàn)了15例基因組確診病例(與前4例沒有流行病學聯(lián)系)。這些人或有南非旅游史，或是和有旅游史的人有接觸。

2021年11月24日，來自南非和博茨瓦納的這些SARS-CoV-2基因組被指定為屬于一個新的PANGO譜系(B.1.1.529)，隨后又被分為BA.1(主支)、BA.2和BA.3亞譜系。2021年11月26日，世衛(wèi)組織根據(jù)SARS-CoV-2病毒進化技術(shù)咨詢小組的建議，將其定義為第五種“關(guān)切變異株”（variant of concern, VOC），取名希臘字母Omicron（奧密克戎）變異株。

研究團隊提到，從發(fā)現(xiàn)到2021年12月的第一周，奧密克戎在南非和博茨瓦納造成的病例迅速和持續(xù)增加。在豪登省，每周檢測陽性率從2021年10月31日開始那一周的小于1%，到2021年11月21日開始那一周的16%，再到11月28日開始那一周的35%，與此同時，COVID-19發(fā)病率呈指數(shù)上升。到2021年12月9日，每日病例數(shù)超過2.2萬例，這是前一波感染高峰的84%。

同時,在南非的所有省份中，TaqPath檢測試劑盒中S基因靶基因失效（SGTF）的比例迅速增加，到2021年11月21日開始那一周達到了全國的近90%，強烈表明奧密克戎主導了南非的第四波疫情。同樣，博茨瓦納的病例也急劇增加，在2021年11月底至12月初期間，每2-3天翻一番。

奧密克戎起源地并不一定是豪登省

為了確定Omicron可能起源于何時何地，研究團隊分析了從GISAID（訪問日期為2021年12月7日）檢索到的所有686例可用奧密克戎基因組（包括來自南部非洲的248例和世界其他地區(qū)的438例）。

初步的最大似然系統(tǒng)發(fā)育分析表明，BA.1/Omicron序列是一個植根于B.1.1譜系(Nextstrain clade 20B)的單系進化支，尚無沒有明確的基礎(chǔ)祖先。重要的是，BA.1/Omicron聚類與任何已知的“關(guān)切變異株”（VOC）或“感興趣變異株”(VOI)以及任何其他已知在南部非洲流行的譜系（例如C.1.2）具有高度的系統(tǒng)發(fā)育差異。而另外兩個相關(guān)譜系BA.2和BA.3，都具有BA.1/Omicron的許多（但不是全部）特征突變，并且都有自己的許多獨特突變。

論文中提到，雖然BA.2和BA.3在進化上與BA.1聯(lián)系在一起，因為它們都是從同一個B.1.1節(jié)點分支出來的，沒有明顯的祖先，但這三個亞譜系沿著獨立的分支相互獨立地進化。

對來自南部非洲的所有BA.1的基因組進行時間校準貝葉斯系統(tǒng)發(fā)育分析（截至2021年12月11日，n=553）估計，BA.1譜系序列的最近共同祖先(TMRCA)發(fā)生在2021年10月9日[95%最大后驗密度(HPD) 9月30日-10月20日]，每天的指數(shù)增長率為0.137 (95% HPD 0.099-0.175)，反映出的倍增時間為5.1天(95%HPD 4.0-7.0)。

研究團隊還通過一種系統(tǒng)動力學模型分析，2021年11月初至12月初，從南非和博茨瓦納獲得的BA.1基因組（n=552）的倍增時間為3.9 (95% HPD 3.5-4.3)天，有效再生數(shù)(Re)為2.79 (95% HPD 2.60-2.97)，有效再生數(shù)指在任何時間點，一名個體在部分易感的人群中平均能傳染的人數(shù)。

研究團隊分析還表明，從2021年10月末至11月末，BA.1/Omicron從南非的豪登省蔓延至南非其余8個省中的7個省，還擴散到了博茨瓦納的兩個地區(qū)。而后續(xù)更多的證據(jù)也顯示南非各省內(nèi)部和其他省份之間的傳播。

然而，論文強調(diào)，這并不意味著奧密克戎起源于豪登省，隨著其他地區(qū)基因組數(shù)據(jù)的進一步積累，這些系統(tǒng)地理推斷可能會發(fā)生變化。

中國疾控中心在2021年11月29日發(fā)布的一篇熱點關(guān)注文章中也提到，奧密克戎變異株在南非首先發(fā)現(xiàn)和報道，但不代表這個病毒是在南非演變形成的，變異株的發(fā)現(xiàn)地不一定是起源地。 

截至2021年12月16日，87個國家在南非返回的旅客樣本中或在社區(qū)例行檢測的樣本中發(fā)現(xiàn)了奧密克戎。截至2022年初，奧密克戎已經(jīng)在100多個國家被發(fā)現(xiàn)，GISAID數(shù)據(jù)庫現(xiàn)已公開了超過10萬例基因組。

部分免疫逃逸或是快速傳播能力的主要原因

此外，研究團隊提到，BA.1/Omicron變異株的獨特之處在于，其刺突蛋白上有30多個突變。15處發(fā)生在刺突蛋白受體結(jié)合域（RBD），其中5個(G339D、N440K、S477N、T478K、N501Y)已被單獨證明增強了和人血管緊張素轉(zhuǎn)化酶2（hACE2）的結(jié)合。7個RBD突變(K417N, G446S, E484A, Q493R, G496S, Q498R和N501Y)預(yù)計會對RBD靶向中和抗體(NAbs)的4大類中至少3類的結(jié)合產(chǎn)生中度到強烈的影響。

此前的2021年12月23日，國際頂級學術(shù)期刊《自然》（Nature）同時在線發(fā)表了5篇評估疫苗和抗體對新冠病毒奧密克戎變異株有效性的論文。哥倫比亞大學醫(yī)學院教授何大一及其同事在其中一篇論文中提到，新冠疫苗和療法對奧密克戎的效果要差很多。

研究團隊調(diào)查了4種主要的新冠肺炎疫苗——輝瑞-生物科技（Pfizer-BioNTech）疫苗、莫德納疫苗、強生疫苗以及阿斯利康疫苗——在來自54名參與者的樣本中對奧密克戎的中和活性，這54名參與者均接種了完整的兩劑疫苗（其中15名還接種了輝瑞-生物科技和莫德納的加強針）。在所有疫苗類型中均觀察到了抗奧密克戎有效性明顯下降的現(xiàn)象，包括在兩名曾經(jīng)感染過新冠病毒的參與者身上亦不例外。不過，在接種了輝瑞-生物科技或莫德納加強針的參與者的樣本中，其抗體中和率下降程度較小。

何大一等人還研究了19種針對奧密克戎變異刺突蛋白的單克隆抗體的中和活性。參與測試的單克隆抗體包括已獲臨床批準的治療抗體，如REGN10987 (imdevimab)、 REGN10933 (casirivimab)、 COV2-2196 (tixagevimab)、 COV2-2130 (cilgavimab)、 LY-CoV555 (bamlanivimab)、CB6 (etesevimab)、Brii-196 (amubarvimab)、 Brii-198 (romlusevimab)以及S309 (sotrovimab)。結(jié)果顯示，19種單抗中有17種完全或部分失去了中和能力。只有romlusevimab和sotrovimab保留了其中和活性。

應(yīng)對新冠病毒的突變也是全球科學家的重要課題。清華大學醫(yī)學院和萬科公共衛(wèi)生與健康學院張林琦教授日前在接受記者采訪時即表示，過去的2年時間里，其團隊篩選獲得了上千種針對新冠病毒的抗體，每出現(xiàn)一次突變株，他們可以進行全方位的評估，同時也具備了非常全面的“抗體貯備”。

他表示，研究病毒突變是其團隊最重要的方向之一，包括新冠病毒、艾滋病毒等，“研究目標就是找到廣譜中和抗體?！睆埩昼硎荆瑢嶒炇揖唧w開展的工作就是把找到的上千個抗體進行全方位的評估，初步結(jié)果展示，確實發(fā)現(xiàn)了一些非常好的具有廣譜中和能力的抗體。其團隊和合作團隊聯(lián)合開發(fā)的羅米司韋單抗，即上述何大一等人研究中保留了對奧密克戎中和活性的romlusevimab。

研究團隊在論文還提到，奧密克戎也有三個突變(H655Y, N679K和P681H)聚集鄰近S1/S2 furin切割位點(FCS)，這可能會增強刺突蛋白的切割和與宿主細胞的融合，可能有助于增強傳播性。

他們分析，奧密克戎的生長優(yōu)勢可能是由以下因素介導，相對于其他變異體的內(nèi)在傳播能力增加，也可能是相對于其他變異體的感染能力增加，以及既往感染者和疫苗接種者感染后傳播能力的增加，或者這兩種因素都起到了作用。

研究團隊還通過分析認為，通過以往疫情浪潮的暴發(fā)，人群對德爾塔的保護性免疫水平已經(jīng)很高，而部分免疫逃逸或許是奧密克戎被觀察到的快速傳播能力的一個主要原因。然而，除了免疫逃逸外，目前還不能明確奧密克戎與德爾塔相比，本身傳播率到底是增加或減少。

研究團隊總結(jié)道，奧密克戎目前正在南部非洲引發(fā)第四波COVID-19疫情，并正在其他國家迅速蔓延?；蛐秃捅硇蛿?shù)據(jù)表明，奧密克戎具有大量逃逸中和抗體應(yīng)答的能力，建模表明免疫逃逸可能是觀察到的傳播動力學的主要驅(qū)動因素。因此，必須密切監(jiān)測奧密克戎在南部非洲以外國家的傳播，以便更好地了解其傳播性和這種變異體逃逸感染后和疫苗引起的免疫的能力。

他們同時提醒，中和抗體只是疫苗和既往感染形成的免疫保護的一個組成部分，預(yù)計細胞免疫反應(yīng)受奧密克戎突變的影響較小。因此，疫苗接種仍然至關(guān)重要。

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